SR-9009 10 mg 60 kapsułek

One Peptides SR-9009 – odczynnik chemiczny do badań laboratoryjnych

SR-9009 – Research Use Only (RUO). Odczynnik chemiczny przeznaczony wyłącznie do badań laboratoryjnych. Nie jest przeznaczony do spożycia przez ludzi ani do celów diagnostycznych.

Powiązane kategorie i odczynniki: W kontekście tego obszaru badań warto porównać także Cardarine GW-501516.

Wstęp i status badawczy

One Peptides SR-9009 należy klasyfikować jako małocząsteczkowy związek badawczy wykorzystywany w projektach dotyczących receptorów jądrowych REV-ERBα i REV-ERBβ, rytmu okołodobowego, metabolizmu komórkowego oraz funkcji mitochondrialnych.

SR-9009 jest zwykle opisywany jako syntetyczny agonista REV-ERB i w tej roli wszedł do literatury po publikacjach dotyczących regulacji rytmu dobowego oraz metabolizmu. Jednocześnie nowsze prace wskazują, że część obserwowanych zmian komórkowych może zachodzić niezależnie od REV-ERB. Z perspektywy laboratorium oznacza to jedno: SR-9009 jest cennym narzędziem eksperymentalnym, ale wymaga ostrożnej interpretacji wyników i stosowania kontroli genetycznych lub farmakologicznych.

Charakterystyka ogólna związku SR-9009

SR-9009 należy do grupy małocząsteczkowych ligandów receptorów jądrowych wiązanych z osią circadian clock-metabolism. Nie jest SARM, nie jest peptydem i nie należy do klasycznych agonistów receptorów steroidowych. W projektach porównawczych laboratoria często zestawiają ten profil z klasą związków określanych jako SARMy, aby rozdzielić sygnały receptorowe od efektów metabolicznych poza celem molekularnym. Związek wzbudził zainteresowanie przede wszystkim dlatego, że receptory REV-ERB uczestniczą w regulacji ekspresji genów powiązanych z biogenezą mitochondriów, lipogenezą, glukoneogenezą, stanem zapalnym i organizacją rytmu okołodobowego.

W pierwszych publikacjach SR-9009 był przedstawiany jako narzędzie do farmakologicznej aktywacji REV-ERB. W późniejszych badaniach używano go również w projektach dotyczących tkanki mięśniowej, wątroby, komórek nowotworowych, astrogleju i mastocytów. Ta szeroka rozpiętość tematów zwiększa wartość związku dla laboratoriów, ale jednocześnie podnosi ryzyko nadinterpretacji. Jeśli jeden ligand daje odpowiedź w wielu bardzo różnych modelach, konieczne jest rozdzielenie efektu receptorowego od potencjalnych działań ubocznych na metabolizm komórki.

Główny składnik aktywny

Czym jest SR-9009?

SR-9009 to małocząsteczkowy związek chemiczny opisany w obrocie badawczym jako ligand receptorów REV-ERB. W materiałach referencyjnych najczęściej pojawia się pod nazwą formalną 3-[[[(4-chlorophenyl)methyl][(5-nitro-2-thienyl)methyl]amino]methyl]-1-pyrrolidinecarboxylic acid ethyl ester. Chemicznie jest to pochodna zawierająca ugrupowania aromatyczne, nitrowe, tiofenowe i karbaminianowe, co przekłada się na lipofilowość, powinowactwo do celu molekularnego oraz zachowanie związku w układach ekstrakcyjnych.

Dane identyfikacyjne

Dla laboratorium znaczenie ma nie tylko zgodność nazwy. SR-9009 bywa mylony z SR9011, czyli związkiem z tej samej rodziny projektowej, ale o innej strukturze i innych parametrach chemicznych. Dlatego przy zamówieniach, analizie HPLC lub przygotowaniu panelu wzorców LC-MS trzeba zawsze sprawdzać zgodność CAS i masy cząsteczkowej.

Struktura i właściwości fizykochemiczne SR-9009

Budowa SR-9009 łączy pierścień chlorofenylowy, fragment tiofenowy z grupą nitrową, ugrupowanie aminowe oraz etylowy ester karbaminianu osadzony na szkielecie pirrolidynowym. Taki zestaw funkcji chemicznych nadaje cząsteczce umiarkowanie wysoką lipofilowość i sprzyja pracy w rozpuszczalnikach organicznych, ale jednocześnie ogranicza prostą kompatybilność z układami ściśle wodnymi.

W praktyce analitycznej oznacza to, że przygotowanie ekstraktu roboczego zwykle wymaga użycia DMSO, DMF, etanolu albo innego rozpuszczalnika zgodnego z metodą badawczą. Dla modeli komórkowych istotne jest późniejsze rozcieńczenie do końcowych stężeń roboczych w medium, przy zachowaniu kontroli nad stężeniem rozpuszczalnika w próbie kontrolnej. Jeżeli materiał pochodzi z jednostek konfekcyjnych, trzeba również uwzględnić obecność substancji pomocniczych, które mogą wpływać na ekstrakcję i czytelność chromatogramu.

Stabilność SR-9009 i zachowanie próbki

SR-9009 jako związek małocząsteczkowy nie wymaga reżimu typowego dla liofilizowanych peptydów, jednak nadal podlega degradacji pod wpływem światła, wilgoci i długiej ekspozycji na temperaturę pokojową. Przy pracy na materiale referencyjnym najbardziej praktyczne pozostaje przygotowanie małych porcji roboczych oraz ograniczenie liczby cykli ogrzewania i chłodzenia. W przypadku dłuższego przechowywania sensowne jest utrzymywanie próbki w temperaturze około -20°C i w warunkach suchych.

Czystość, identyfikacja i kontrola jakości

Przy SR-9009 jakość partii ma szczególne znaczenie, ponieważ już niewielka domieszka związku pokrewnego lub produktów rozpadu może zaburzyć interpretację wyników w modelu receptorowym albo metabolicznym.

HPLC

Analiza HPLC pozwala ocenić jednorodność chromatograficzną materiału. Dla związku takiego jak SR-9009 jest to podstawowy krok walidacyjny przed rozpoczęciem pracy na komórkach lub przed przygotowaniem wzorca do LC-MS. Jeśli próbka pochodzi z konfekcjonowanego materiału stałego, chromatogram pomaga oddzielić sygnał związku głównego od sygnałów substancji pomocniczych.

LC-MS i potwierdzenie masy

Spektrometria mas służy do ostatecznego potwierdzenia tożsamości związku. SR-9009 ma charakterystyczny profil fragmentacyjny związany z obecnością chlorofenylu, nitrotiofenu i grupy karbaminianowej. W projektach obejmujących metabolity lub oznaczenia ilościowe LC-MS/MS pozostaje metodą pierwszego wyboru.

Jednorodność materiału w opakowaniu

Laboratorium powinno zweryfikować także zmienność pomiędzy jednostkami. Dla eksperymentów ilościowych różnice w masie netto, stopniu rozdrobnienia materiału lub składzie pomocniczym mogą istotnie wpływać na rzeczywiste stężenie ekstraktu.

Przechowywanie i postępowanie laboratoryjne

Dla wzorca SR-9009 materiały katalogowe najczęściej wskazują przechowywanie w temperaturze około -20°C, ochronę przed światłem i ograniczenie kontaktu z wilgocią. Po przygotowaniu roztworu roboczego należy dostosować warunki do użytego rozpuszczalnika i planowanego czasu analizy. Jeżeli projekt wymaga porównań między seriami, warto przygotowywać próbki według identycznego protokołu ekstrakcyjnego i dokumentować każdy etap.

W codziennej pracy laboratoryjnej wskazane są rękawice nitrylowe, okulary ochronne, dokładne znakowanie próbek i praca w dobrze wentylowanej przestrzeni. Przy ważeniu materiału stałego lub przesypywaniu zawartości jednostek konfekcyjnych należy ograniczyć pylenie i unikać przypadkowej kontaminacji powierzchni roboczej.

Mechanizm działania SR-9009 na poziomie molekularnym

Pierwotny model działania SR-9009 opiera się na jego roli jako agonisty receptorów REV-ERBα i REV-ERBβ. Receptory te należą do rodziny receptorów jądrowych i funkcjonują jako represory transkrypcji powiązane z rytmem okołodobowym. Po aktywacji wpływają na ekspresję genów związanych z metabolizmem lipidów, glukozy, stanem zapalnym oraz funkcją mitochondriów.

REV-ERB i regulacja transkrypcji

W klasycznym ujęciu aktywacja REV-ERB przez SR-9009 prowadzi do zmian w kompleksach korepresorowych i do przestrojenia ekspresji genów objętych kontrolą zegara okołodobowego. W pracy opublikowanej w Nature wykazano, że syntetyczni agoniści REV-ERB wpływali na zachowanie rytmu dobowego i ekspresję genów metabolicznych w wątrobie, mięśniach szkieletowych i tkance tłuszczowej modeli zwierzęcych. Dla laboratoriów oznacza to możliwość wykorzystania SR-9009 jako narzędzia do badań zależności między receptorem jądrowym a sygnaturą metaboliczną komórki.

Tkanka mięśniowa i mitochondria

W pracy opublikowanej w Nature Medicine pokazano, że REV-ERBα moduluje zdolność oksydacyjną mięśni szkieletowych poprzez regulację biogenezy mitochondrialnej i autofagii. W tym kontekście SR-9009 był wykorzystywany jako narzędzie farmakologiczne do badania szlaków związanych z mitochondrialnym metabolizmem mięśni. Dla interpretacji wyników ważne jest jednak, aby oddzielić wpływ samego REV-ERB od szerszego efektu metabolicznego wynikającego z obecności ligandu w komórce.

SR-9009 a stan zapalny i sygnały komórkowe

Kolejna grupa prac analizowała wpływ SR-9009 na ekspresję cząsteczek prozapalnych. W modelu astrogleju C6 obserwowano zmiany w indukowanej przez TNF ekspresji MMP-9 i CCL2 po aktywacji REV-ERB. Takie wyniki sugerują, że związek może być użyteczny w badaniach nad transkrypcyjną kontrolą odpowiedzi zapalnej, ale nadal wymaga to protokołów z prawidłowo dobraną kontrolą i potwierdzeniem celu molekularnego.

Ograniczenia mechanistyczne i efekty niezależne od REV-ERB

To najważniejszy punkt przy SR-9009. W 2019 roku opublikowano pracę pokazującą, że związek może zmieniać proliferację, metabolizm i transkrypcję także w komórkach pozbawionych obu receptorów REV-ERB. Podobne zastrzeżenia pojawiały się później w kolejnych modelach, w tym mastocytach i wybranych liniach nowotworowych. Dla laboratorium praktyczny wniosek jest prosty: eksperyment z SR-9009 nie powinien być interpretowany jako automatyczny dowód aktywacji REV-ERB bez dodatkowej walidacji, na przykład przez knockdown, knockout, porównanie z innym ligandem lub analizę zmian w dobrze scharakteryzowanych genach celu.

Zastosowania w badaniach naukowych

1. Badania rytmu okołodobowego

SR-9009 jest używany w projektach oceniających ekspresję genów zegarowych, przesunięcia fazowe i zależności między receptorami REV-ERB a programem transkrypcyjnym komórki.

2. Modele metabolizmu mitochondrialnego

W hodowlach komórkowych i w tkankach mięśniowych związek wykorzystuje się do analizowania biogenezy mitochondriów, autofagii i zmian w metabolizmie oksydacyjnym.

3. Badania stanu zapalnego

Modele astrogleju, komórek immunologicznych i wybranych tkanek pozwalają badać wpływ SR-9009 na ekspresję mediatorów zapalnych oraz na transkrypcję zależną od REV-ERB.

4. Onkologia eksperymentalna

W różnych liniach nowotworowych SR-9009 był wykorzystywany do oceny zmian w lipogenezie, autofagii, proliferacji i wrażliwości na inne związki badawcze. W tym obszarze szczególnie ważne jest odróżnienie efektów zależnych od REV-ERB od działań niezależnych od tego celu.

5. Chemia analityczna i walidacja metod

Ze względu na czytelną strukturę i rozpoznawalny profil MS SR-9009 może pełnić funkcję materiału odniesienia w metodach chromatograficznych i spektrometrycznych.

Podsumowanie

One Peptides SR-9009 to odczynnik chemiczny RUO przeznaczony do badań laboratoryjnych nad receptorami REV-ERB, rytmem okołodobowym, metabolizmem komórkowym i programami transkrypcyjnymi. Największa wartość tej cząsteczki wynika z połączenia dobrze rozpoznawalnej chemii, szerokiego zastosowania eksperymentalnego i bogatej literatury dotyczącej osi circadian-metabolism.

Jednocześnie SR-9009 wymaga większej dyscypliny interpretacyjnej niż wiele prostszych związków badawczych. Współczesna literatura wyraźnie pokazuje, że część odpowiedzi komórkowej może zachodzić niezależnie od REV-ERB. Dlatego karta produktowa powinna konsekwentnie akcentować status badawczy materiału, potrzebę walidacji celu molekularnego oraz znaczenie HPLC, LC-MS i kontroli partii przed rozpoczęciem pracy eksperymentalnej.

Najważniejsze wnioski badawcze

• SR-9009 jest małocząsteczkowym ligandem badawczym receptorów REV-ERB powiązanym z projektami dotyczącymi rytmu okołodobowego i metabolizmu.
• Najlepiej ugruntowane publikacje dotyczą wpływu syntetycznych agonistów REV-ERB na ekspresję genów metabolicznych, mięśnie szkieletowe i funkcje mitochondrialne.
• Nowsze badania wykazały, że część odpowiedzi komórkowej po ekspozycji na SR-9009 może zachodzić niezależnie od REV-ERB.
• Materiał konfekcjonowany w 60 jednostkach stałych wymaga analizy jednorodności, czystości i wpływu substancji pomocniczych na ekstrakcję.
• W projektach z SR-9009 szczególnie ważne są kontrole genetyczne, HPLC, LC-MS i ostrożne oddzielanie danych receptorowych od efektów poza celem molekularnym.